V důsledku dešťů se do vody spolu s fekáliemi dostávají také bakterie a viry. Povodí Vltavy chce nápravu.
Problém se podle Mladé fronty Dnes týká i Úhlavy, která je zdrojem pitné vody pro plzeňskou oblast. Do řeky se často dostávají splašky z Klatov, ze kterých leckdy nepřečištěná voda z kanalizace teče do Drnového potoka. Ten se vlévá do Úhlavy. Dvacetitisícové Klatovy jsou z pohledu znečištění Úhlavy významné, protože jsou druhým největším a také průmyslovým městem kraje.
Pomoci by mohlo budování retenčních nádrží na kanalizačních rozvodech.